科技型中小企业研发费用加计扣除比例提高到 100%，但这个优惠不是有研发投入就自动享受，也不是汇算完再补入库就能追溯；关键在于汇算所属年度内取得有效的入库登记编号，并且研发费用归集、辅助账、申报表三处对得上。
先厘清优惠的实际内容科技型中小企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，再按实际发生额 100% 在税前加计扣除；形成无形资产的，按无形资产成本的 200% 在税前摊销。要特别区分两件事：加计扣除是缩小应纳税所得额，不是直接抵扣税额；100% 是加计比例，不是把研发费用重复扣两次全额。
前置条件：入库编号必须在汇算所属年度内取得这是最容易出错的一环。企业要享受某一年度的科小 100% 加计扣除，必须在该年度内完成科技型中小企业评价并取得入库登记编号。次年才入库的，不能追溯享受上一年度 100% 比例。科小编号当年有效，每年重新评价，因此研发投入大的企业要把入库动作排进年度日程，而不是等到汇算前才想起来。
完整办理顺序第一步，年度内完成评价入库。 按科技型中小企业评价办法在评价系统自评、填报、提交，取得入库登记编号，保存编号截图与评价表。第二步，建立研发项目台账与辅助账。 每个研发项目要有立项决议、项目计划书、研发目标与技术内容说明；按项目设置研发支出辅助账，按人员人工、直接投入、折旧、无形资产摊销、新产品设计费、其他相关费用等科目归集，人员同时从事非研发工作的要有工时分配依据。第三步，年度汇算清缴时填报。 在企业所得税年度申报中填报研发费用加计扣除优惠明细表，按项目填报归集金额、加计扣除额，系统按科小标识适用 100% 比例；同时确保财务报表研发费用、辅助账、申报表三处能够勾稽。第四步，留存备查资料归档。 入库编号与评价表、研发立项资料、辅助账及汇总表、费用凭证、研发人员名单与工时记录、研发成果证明（专利、软著、检测报告、样机等）、委托研发合同及发票。第五步，配合后续核查。 税务或科技部门核查时按项目提供上述资料，能说明 "钱花在哪个项目、谁在干、干出了什么"。
研发费用归集的关键边界可以归集：直接从事研发活动人员的工资薪金、五险一金；研发活动直接消耗的材料、燃料动力；用于研发的仪器设备折旧；用于研发的软件、专利权、非专利技术摊销；新产品设计费、新工艺规程制定费、新药临床试验费等；与研发直接相关的其他费用（该项一般不超过可加计扣除研发费用总额的一定比例）。
不能归集：产品常规性升级、简单改变；商品化后的技术支持与售后维修；对某项科研成果的直接应用；市场调查、常规性质量控制、管理性费用；已计入其他费用或已被财政资金覆盖的部分。委托研发： 委托境内机构或个人研发的，按实际发生额的 80% 计入委托方研发费用；委托境外研发的另有比例和限额约束，需按现行规定判断。
特殊事项处理一是研发费用与生产经营费用混用的，要按合理方法分配，分配方法要一贯、有记录。
二是政府补助形成的研发支出，属于不征税收入的对应支出不得加计扣除，要做相应剔除。
三是失败的研发项目，符合条件的支出仍可归集，但要有立项和过程记录，不能只有一笔支出没有研发过程。
四是跨年度项目，按年度实际发生额归集，不按项目总额一次性计入。
高频误区梳理误区一，只要是科小，季度预缴就能自行按 100% 加计。错，加计扣除一般在年度汇算享受，预缴阶段按当期政策与申报口径处理，不能自行扩大。
误区二，汇算之后补做科小入库也能享受上年度 100%。错，编号须在汇算所属年度内取得。
误区三，有科小编号就不用做辅助账。错，辅助账是核查的核心备查资料。
误区四，研发相关的支出都可以全额加计。错，范围有明确边界，其他相关费用还有比例约束。
误区五，研发费用只要总额对得上就行。错，要能按项目追溯，人员、材料、工时都要落到具体项目。
【写在最后】依据《企业所得税法》及其实施条例、财政部与税务总局关于进一步完善研发费用税前加计扣除政策的公告，科技型中小企业开展研发活动实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的按 100% 加计扣除，形成无形资产的按成本的 200% 摊销，享受优惠须以汇算所属年度内取得科技型中小企业入库登记编号为前提。长沙企业应把入库评价、研发项目立项、研发支出辅助账、汇算申报、备查资料归档串成一条完整链条，保持财务报表、辅助账与申报表口径一致；委托研发、政府补助对应支出、其他相关费用按现行规定处理，避免因归集口径或入库时点问题被纳税调整。
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